Fakultas Kedokteran Gigi (FKG) Universitas Gadjah Mada (UGM) berdiri sejak adanya Perguruan Tinggi Kedokteran Gigi di Rumah Sakit Tegalyoso, Klaten (1948). Tanggal 5 Maret 1948 diresmikan sebagai hari penggabungan Perguruan Tinggi Kedokteran Gigi dengan Perguruan Tinggi Kedokteran yang telah ada sebelumnya (1946) di Klaten. Berdasarkan penelusuran sejarah oleh beberapa narasumber dan melalui lokakarya yang dilaksanakan di Yogyakarta tanggal 7 Januari 2008, diputuskan bahwa hari lahir FKG UGM adalah tanggal 5 Maret 1948 (Surat Keputusan Senat FKG UGM Nomor 215/SK/J01.1.21/SF/2008).
Adanya Pendidikan Dokter Gigi Spesialis (PPDGS) secara nasional ditandai dengan terbitnya SK Dikti Nomor 139/DIKTI/Kep/1984 tentang penunjukan empat pusat Program Pendidikan Dokter Gigi Spesialis yaitu FKG UGM, Universitas Indonesia, Universitas Padjadjaran, dan Universitas Airlangga. Pada tahun itu pula empat staf pengajar bagian Periodonsia FKG UGM, yaitu drg. Soetomo Nawawi, DPHP Dent., drg. Hartati Soeproyo, drg. Haryono Boedihardjo, dan drg. Sri Koes Soesilowati, mendapatkan kehormatan pemberian gelar Spesialis Periodonsia (Sp.Perio). Selanjutnya berdasarkan SK Dikti Nomor 141/DIKTI/Kep/1984 tentang Pembukaan Tujuh Program Studi Pendidikan Dokter Gigi Spesialis (PPDGS), PPDGS Periodonsia FKG UGM pertama kali dibuka pada tanggal 8 Desember 1984 dan mulai menerima mahasiswa baru. Untuk memenuhi jumlah dokter gigi spesialis Periodonsia di lingkungan FKG UGM, maka pada tahun 1995, dua staf Periodonsia FKG UGM mengikuti Pendidikan di PPDGS Periodonsia bekerja sama dengan LADOKGI, sehingga pada tahun 1995 FKG UGM memiliki enam staf pengajar Spesialis Periodonsia.
Seiring dengan kemajuan ilmu dan teknologi dalam bidang kedokteran gigi serta banyaknya kasus yang memerlukan penanganan secara spesialistik, maka sesuai dengan arahan Dikti, pada tahun 2006 seluruh staf Periodonsia FKG UGM mengikuti pendidikan lanjut oleh Kolegium Periodonsia Indonesia dan memperoleh gelar Konsultan (K) sesuai dengan bidang keahliannya masing-masing untuk memenuhi standar pendidikan bagi pengajar PPDGS yang lebih tinggi. Akreditasi untuk monitoring, evaluasi dan penjaminan mutu atas penyelenggaran Pendidikan PS Spesialis Periodonsia FKG UGM yang pertama telah dilakukan oleh Kolegium Periodonsia Indonesia pada tanggal 15 Mei 2012 dengan hasil Akreditasi A ditetapkan dengan SK Nomor 01/SK/Kolegium Perio/V/2012 yang berlaku selama lima tahun, dan selanjutnya yang ke 2 pada tahun 2016 sesuai keputusan LAM-PTKes Nomor 0087/LAM-PTKes/Akr/Spe/III/2017 menyatakan PS Spesialis Periodonsia FKG UGM dengan nilai Akreditasi A (Sangat Baik/Excellent ).